paddle_quantum.biocomputing.biocomputing.algorithm

蛋白质折叠模型的VQE算法

cvar_expectation(psi, h, alpha)

计算条件风险价值(CVaR)。

参数:

• psi (paddle_quantum.state.State) – 输入量子态。

• h (paddle_quantum.Hamiltonian) – 哈密顿量。

• alpha – 控制计算CVaR期望值中包括的basis数量的参数。

返回:

返回CVaR期望值。

返回类型:

paddle.Tensor

class ProteinFoldingSolver(penalty_factors, alpha, optimizer, num_iterations, tol, save_every)

基类：paddle_quantum.qchem.VQESolver

求解蛋白质折叠模型的VQE求解器。

参数:

• penalty_factors (List[float]) – 蛋白质哈密顿量中的正则化因子。

• alpha (float) – 控制计算CVaR期望值中包括的basis数量的参数。

• optimizer (paddle.optimizer.Optimizer) – 量桨优化器。

• num_iterations (int) – VQE迭代次数。

• tol (Optional[float]) – VQE算法收敛的判据。

• save_every (Optional[int]) – 控制优化过程中每隔多少步记录优化结果。

solve(protein, ansatz, optimizer_kwargs)

求解函数。

参数:

• protein (paddle_quantum.biocomputing.Protein) – 输入的待优化蛋白质结构。

• ansatz (paddle_quantum.ansatz.Circuit) – VQE中的参数化量子线路。

• optimizer_kwargs (Optional[Dict]) – 优化器配置参数。

返回:

返回最终的损失函数值及其对应的计算基态。

返回类型:

Tuple[float, str]